Quando instalado usando o pacote tomcat7 , você deve iniciar e interromper o Tomcat usando upstart ( service tomcat start ) ou o script /etc/init.d/tomcat . Se você iniciar usando o script startup.sh , é provável que suas variáveis de ambiente estejam configuradas incorretamente.
Por favor, veja a minha resposta à sua pergunta anterior ( Como devo instalar o Apache Tomcat 7 para uso com o Eclipse? ) para uma melhor maneira de instalar o Tomcat se você não quiser executá-lo como um serviço.