Acho que isso é inviável, se não impossível, pelas seguintes razões:
- Diferentes distribuições possuem diferentes gerenciadores de pacotes. Isso significa que, se você instalar um pacote de ambos os sistemas operacionais, poderá obter dois binários em pastas diferentes (o que acaba com seu objetivo de economizar espaço e ter o mesmo o mesmo programa ) ou um dos binários sobrescrevendo o outro. Pacotes binários são frequentemente construídos com diferentes opções para diferentes distribuições; isso raramente causa problemas, mas, se isso acontecer, você não terá a menor ideia de como corrigi-lo ou mesmo o que o causa.
- No Ubuntu, os pacotes têm os locais para seus arquivos codificados neles. Colocá-los em pastas diferentes é possível, mas você precisa desmontar manualmente o pacote e copiar os arquivos onde desejar. Alguns pacotes requerem várias dependências para serem instalados simultaneamente, de modo que a tarefa também pode ser bastante entediante. E, mesmo assim, a maioria dos programas procura suas dependências onde eles pertencem e, se você os instalou em um diretório alternativo, esses programas não serão executados. Você poderia contornar este problema, ligando os diretórios, no entanto.
- Você terá problemas de configuração e permissão. Seu (s) usuário (s) não terá necessariamente o mesmo ID de usuário em ambos os sistemas operacionais, e um sistema espera que as permissões de alguns arquivos de pacote sejam diferentes das outras. As localizações dos arquivos de configuração e até mesmo a sintaxe podem diferir entre as distribuições, causando ainda mais dor de cabeça. Também há muito mais pequenas diferenças que podem quebrar a compatibilidade e são difíceis ou impossíveis de corrigir.
Assim sendo, se você usar alguns softwares que são insensíveis à distribuição e não estão disponíveis nos gerenciadores de pacotes (por exemplo, jogos para Linux) e usá-los em ambas as distribuições, você pode instalá-los em uma partição e use-o de ambos.