Parece que consertei copiando o nautilus.desktop
de /usr/share/applications
para
~/.local/share/applications.
Teve que adicionar isso ao final do arquivo:
[Documents Shortcut Group]
Name=Documents
Exec=nautilus --new-window Documents
OnlyShowIn=Unity;
E, em seguida, arrastando o arquivo para minha barra de traços. Sem as linhas adicionadas, ele agia da mesma forma ainda, a única diferença era que ele tinha a opção Nova Janela. Bugs me como esse material eu adicionei no final consertou porque eu nem sequer definir o lançador para usar essa entrada.