O 'disco rígido' neste caso é na verdade um arquivo no sistema de arquivos do Windows, usado pela VM. Sua instalação do Linux não poderá afetar nada fora desse arquivo, que ele vê como uma unidade física. Você pode ir em frente e "apagar tudo ..."
Quanto à segunda mensagem, não se preocupe, pelas razões acima. É apenas um diálogo de confirmação.