Eu fiz a atualização 12.04 a 14.04 em várias instalações, realmente não tive nenhum problema ainda. YMMV claro.
Mas eu recomendo testar a atualização primeiro, se der errado, nada impede que você faça a reinstalação.
Existe uma opção no instalador, não exatamente certa sobre o texto, mas diz "instalar através da minha instalação existente do Ubuntu", que fará apenas uma nova instalação do sistema operacional, mas deixará os dados do usuário intactos.
Lembre-se de fazer um backup dos seus dados antes de tentar atualizar ou instalar novamente, apenas no caso: -)