Se o seu PC funcionar o tempo todo, você pode tentar (como root)
crontab -e
para iniciar o editor cron. Cron é um serviço que executa um script em um horário configurado ou após o término de uma intervenção de tempo.
Agora adicione uma linha semelhante a
# m h dom mon dow command
0 1 * * 0 /root/mybackupscript.sh 2> /dev/null
Em seguida, crie o /root/mybackupscript.sh:
#/bin/sh
# Very simple backup script
rsync -va /home /etc /media/<user>/anotherdisk
É isso principialmente. Eu não sei onde o seu "outro disco" está montado na árvore de diretórios, então modifique-o de acordo com suas necessidades.
cron e rsync também são ferramentas muito poderosas e flexíveis, então não esqueça de ler as man pages:
man crontab
man rsync