Você pode instalar um editor de menu para corrigi-lo
sudo apt-get install menulibre
Para editar o ícone de menu duplicado
Ou você pode simplesmente digitar
sudo -i
nautilus -w /usr/share/applications
Para ver todos os arquivos da área de trabalho para itens de menu e remover quaisquer duplicatas, mas seria sensato fazer um backup antes de alterar qualquer arquivo.