Eu respondi minha própria pergunta!
Selecionando Digitalizar > O texto agora cria arquivos PDF por padrão que são compactados. A minha preferência por "Texto" é persistente, o que significa que agora posso executar rapidamente muitas digitalizações sem a necessidade de atualizar manualmente as minhas definições por varredura.
O motivo pelo qual o Simple Scan foi padronizado para o formato JPEG anteriormente era porque eu estava digitalizando como uma 'Imagem' e não como 'Texto'. Eu não vi que havia opções no item de menu principal 'Digitalizar' para otimizar para 'Imagens' ou 'Texto'.