O Virtualbox armazena informações de caminho no arquivo .vbox, incluindo o caminho para os CDs virtuais montados, o caminho do disco rígido, caminhos das pastas compartilhadas, etc ... O caminho muda quando você muda o sistema operacional (de F: / alguma coisa para / media / user / hexadecimal_number / something) e as informações no arquivo .vbox se tornam inválidas.
AFAIK você não pode simplesmente compartilhar as mesmas VMs sem problemas entre os dois sistemas operacionais. Mas você pode criar uma nova Máquina Virtual idêntica no Linux que use o mesmo Disco Rígido Virtual e Hardware Virtual que o Windows (mas um arquivo vbox diferente). Isso deve estar perto o suficiente do que você deseja alcançar.