Use um Perl lookbehind :
$ perl -pe 's/(?<=ami)(\d+)/$1+1/eg' inputfile
ami42 ami57
ami24
ami68
ami46 ami35 ami89
jama66
tumi234 bichi23455
susami346
O (?=<ami)
diz ao Perl para procurar ami
antes de corresponder ao resto do padrão, mas não incluí-lo na correspondência.