Nem todos os programas do Windows estão funcionando no Wine. Você pode verificar a lista de programas compatíveis aqui .
Há também o PlayOnLinux, um software que usa o Wine, mas é mais fácil graças a uma GUI muito intuitiva.
Lembre-se: às vezes é melhor usar software de código aberto (como o LibreOffice) do que emular programas de código fechado do Windows (como o MS Office).