Remova a segunda linha do seu programa:
#include "input.dat"
Esta linha fará com que o arquivo de entrada seja lido pelo compilador. Da maneira como você explicou, o arquivo de entrada não é código C e, portanto, não será compilado.
O arquivo de entrada, no entanto, não deve ser incluído em seu programa, mas deve ser lido a partir do sistema de arquivos em tempo de execução.
Se você disser que o mesmo programa funcionou no Windows, você quer dizer que o mesmo código funcionou no Windows? Isso realmente me surpreenderia, pois apenas números não são C, não importa em qual plataforma você esteja.