Isso aconteceu comigo depois de um término muito ruim da Transmissão. Eu não consegui começar, não importa quais remoções seletivas eu fiz na pasta de configuração, mas removê-las completamente funcionou:
rm -r ~/.config/transmission
Tenha em mente que isso significa que todas as opções de configuração, todas as torrents adicionadas e todas as estatísticas serão excluídas, e será como se você tivesse lançado o Transmission pela primeira vez.