O GCC escreve uma seção .comment contendo informações de versão no arquivo de objeto compilado.
Você pode tentar despejar a seção .comment do binário para encontrar a string de versão.
Use objdump e adicione - section para especificar o nome da seção.
Por exemplo, se você compilou um programa chamado foo no diretório de origem, pode executar os seguintes comandos para obter informações sobre a versão do GCC:
$ objdump -s --section .comment foo
sizeof: file format elf32-i386
Contents of section .comment:
0000 4743433a 20285562 756e7475 2f4c696e GCC: (Ubuntu/Lin
0010 61726f20 342e362e 332d3175 62756e74 aro 4.6.3-1ubunt
0020 75352920 342e362e 3300 u5) 4.6.3.
Então você sabe que ele é compilado com o gcc 4.6.3.