Presumo que o evince esteja assim:
Eu usaria os pacotes XFCE para ajudá-lo nessa questão:
sudo apt-get install xfce4-settings
Em seguida, execute o daemon xfce:
xfsettingsd
Isso mudará as fontes para usar as configurações do GTK.
Execute xfce4-settings-manager
para alterar suas fontes e ícones:
Obviamente, você desejaria executar o daemon a partir do login - veja minha resposta vinculada sobre como fazer isso.
Pergunta relacionada: