Você copia o arquivo usando o sudo
sudo cp file destination
Para diretórios use th -R flag
sudo cp -R directory destination
Se os arquivos ou diretórios tiverem espaços, você deve citar ou escapar (\) deles
sudo cp "file with spaces" destination
sudo cp file\ with\ spaces destination
Para informações sobre permissões do Linux e o uso do sudo, veja:
e