Você pode simplesmente configurar um cron job para executar, digamos, a cada 2 horas assim ...
sudo crontab -e
Quando o editor iniciar, adicione isso ao final
0 */2 * * * apt-get autoremove
Se você estiver usando o editor padrão (nano), pressione Control O (a letra) e Enter para salvar e, em seguida, Control X para sair.