No mundo do Linux, qualquer arquivo ou diretório cujo nome comece com . é considerado oculto.
Note que esconder um arquivo ou diretório é não uma medida de segurança, é apenas por conveniência, para que arquivos desnecessários como arquivos de configuração não incomodem sua rotina diária. Eles podem ser listados facilmente se você quiser, por exemplo ls -lA .
Quanto a esconder partições, você pode usar gparted para definir um sinalizador "oculto" nas partições. Isso ocultará a partição dos sistemas operacionais. Observe que isso pode ser facilmente revertido, então não use isso para ocultar dados confidenciais.
Se você quiser operar no mesmo disco do qual está inicializando, talvez seja necessário um CD / DVD ou (de preferência) um pendrive ao vivo.
Se você está procurando segurança, pesquise neste site (ou no Google) por pastas e partições criptografadas.