Não tenho idéia se o NTP deve ou não acessar o arquivo /etc/ntp.leapseconds
No entanto, posso dizer por que você está tendo o problema.
o aparelho do LSM está negando a leitura.
Se você acredita que o NTP deve ter acesso a esse arquivo, a solução correta seria atualizar o perfil do apparmor para o ntp.
sudo vim /etc/apparmor.d/usr.sbin.ntpd
adicione uma linha que permita acesso de leitura ao arquivo em questão, por exemplo.
/etc/ntp.leapseconds r,
salve seu arquivo e recarregue o perfil NTP
sudo apparmor_parser -r /etc/apparmor.d/usr.sbin.ntpd
Por que isso está acontecendo?
O NTP tem escuta de soquetes de rede e tem um comportamento bastante previsível, então, normalmente, o ubuntu irá disponibilizar um perfil do apparmor para ele e ativá-lo por padrão.
O Apparmor é um LSM (Linux Security Module). É uma camada extra de segurança chamada MAC (controle de acesso obrigatório) e é uma maneira de dizer a um aplicativo o que ele pode ou não acessar via política. Ele tem a última palavra sobre as permissões de acesso e mesmo que você chmod 777 um arquivo se a política diz que você não tem permissão para acessar o arquivo, o kernel negará o acesso.
Você pode começar a aprender aqui