Este não é um problema de permissão. Parece que você excluiu o PDF enquanto o arquivo ainda está sendo usado por algum aplicativo. Nesse caso (em sistemas de arquivos baseados em fusíveis), o arquivo é excluído e um arquivo .fuse_hidden é criado e mantido enquanto alguém estiver usando o arquivo (há pelo menos um descritor de arquivo aberto referenciando o arquivo). Isso imita o conceito comum de exclusão atrasada (você pode excluir um arquivo aberto, ele desaparecerá da listagem do sistema de arquivos e será finalmente excluído assim que o arquivo for fechado).
Feche o aplicativo que mostra o PDF. O arquivo definitivamente desaparecerá após a reinicialização.
Um comentário ao comando chmod: a implica ugo.