O Windows ainda reconhecerá a unidade de disco. Ele reconhecerá as partições que você já tem na unidade, mas não poderá permitir que você faça nada com elas, nem lhe dirá nada a não ser que elas estejam lá. Você ainda poderá particionar o espaço restante. Você também pode criar uma partição do Windows no Ubuntu na unidade: Como criar uma janela de partição pode ler?