Na verdade, parece que seus registros e gerenciadores de inicialização estão apenas na unidade externa. Normalmente eles estão na unidade interna.
Você deve criar um Boot Repair Disk e inicializá-lo. É um disco prático para ter de qualquer maneira.
Enquanto estiver no sistema BRD, primeiro use o gparted para garantir que sua unidade interna tenha uma partição ativa com um sinalizador de inicialização definido para ela. Em seguida, executar a opção de reparo Recomendado deve corrigir os problemas de inicialização em seu disco rígido interno. Reinicie.
Você também deve ler esta publicação no fórum sobre Como criar um disco rígido Linux inicializável externo (sem inicialização dupla)