Eu também tenho um ASUS EeePC 1000 e tenho o Lubuntu 14.04 instalado. Por algum motivo, o computador reconhece a unidade flash como outro disco rígido. Quando você iniciar o computador, insira o BIOS. Navegue para inicializar e depois para o disco rígido. Você vai notar que há um sinal de mais lá. Clique no disco rígido e você verá o seu pen drive. Mova-o para o topo, salve suas alterações (F10 eu acredito), e continue com o boot. Espero que isso resolva o seu problema.