Sim.
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O Ubuntu deve ser instalado em um sistema de arquivos que suporte permissões (ext é a opção padrão atual). Isso inclui root, boot, home. Não pode (e não irá) instalar em NTFS (ou FAT).
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Diretórios dentro de / home / $ USER / podem ser montados por um sistema que é NTFS ou até mesmo um link simbólico para uma partição que é NTFS.
Se por qualquer motivo a partição não for montada e necessária para o funcionamento correto do sistema, você acabará com um sistema não inicializável ou o sistema tentará se reparar onde a montagem NTFS for ignorada (com todos os tipos de problemas um resultado disso).
Então eu mesmo usaria uma partição dedicada configurada como NTFS e a montaria com um diretório diferente e deixaria / home como está.