Talvez sejam apenas determinadas fontes que incluem a capacidade de atualização. O link que você postou afirma que quando você instala com o dpkg ele ignora o apt e, portanto, não é atualizado.
Como teste, procurei qual versão do nodejs está disponível no Utopic (v0.10.25) e, em seguida, instalei o nodejs (v0.10.20) usando o checkinstall
Eu baixei e extrai e depois corri:
./configure
make
sudo checkinstall -D
Uma vez instalado, verifiquei a versão e, na verdade, era 0.10.20
Eu então fiz um
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
E foi dito que o nó estava sendo retido
Então eu tentei
sudo apt-get dist-upgrade
E atualizou o nó. Eu verifico a versão depois e ela reporta 0.10.25 (a versão disponível para o Utopic)
Portanto, não tenho certeza se apenas alguns pacotes instalados manualmente serão atualizados, ou se eu usei o checkinstall para fazer o deb / install.
A única coisa estranha é quando eu instalei manualmente eu verifiquei a versão com
node -v
Mas desde a atualização usando o apt, agora eu tenho que usar
nodejs -v
Então, novamente, eu criei uma versão antiga do deb usando o checkinstall e atualizei para a última versão usando
sudo apt-get dist-upgrade