No gedit, existem várias maneiras de fechar a caixa de pesquisa. De acordo com este site , ele fecha quando você pressiona Esc ou Enter (é claro que provavelmente também está no arquivo de ajuda). A pesquisa é encontrar qualquer atalho que você tenha definido no passado e que funcione como uma dessas chaves.
O que eu tentaria encontrar rotas:
- isso acontece também se você escolher "pesquisa" no menu?
- isso acontece também se você pesquisar com Control_R + F?
- você já usou xdotools para configurar combinações de teclas ou fez combinações de teclas especiais em Configurações do sistema > Teclado > Atalhos?
Tente ver se algum deles pode lhe dar uma pista, olhe para as Configurações do sistema > Teclado > Atalhos > Atalhos personalizados, desative todos e veja se o problema foi corrigido. Ative-os um por um para ver qual deles dá o erro.