Eu também tive isso na atualização do Xubuntu. As janelas minimizariam no primeiro clique no botão do painel, mas depois se recusariam a partir daí. Eu resolvi isso excluindo .config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfwm4.xml
- obviamente há alguma configuração conflitante da versão anterior do xfce. Isso significa que você perderá suas configurações do xfwm, mas elas não devem ser muito difíceis de recriar.
Edit: Acabei de fazer mais alguns testes, parece que ter "foco segue mouse" ao invés de "clique para focar", é o que causa o problema: / bug relevante da barra de lançamento