Embora já tenha dado uma resposta, quero compartilhar o que funcionou para mim, usando o Ubuntu 14.04:
sudo apt-get install tsocks
Então abra /etc/tsocks.conf e adicione seu servidor ao servidor e porta para server_port, também adicione o range do seu servidor de socks como local, como
Exemplo, se o seu endereço IP for 90.70.60.5, então escreva:
local = 90.70.60.0/255.255.255.0
(Observe o .0 como a última parte no endereço IP)
Agora tente:
sudo tsocks apt-get update
(ou qualquer comando do apt-get)
Se não funcionar usando o sudo, faça o login diretamente como root como:
sudo su
Em seguida, tente novamente:
tsocks apt-get update
Eu estava por trás de um servidor de meias 5 para acessar um link de download que não tinha acesso do meu próprio computador e funcionava perfeitamente.
Nota : Com isso eu não precisei usar o material "Adquirir" em /etc/apt/apt.conf