Se shiftingV1.0
e shiftingV1.2
forem comandos que produzem sua saída no fluxo de saída padrão, você poderá usar o recurso de substituição do processo do bash, por exemplo
diff <(command1) <(command2)
ou no seu caso, supondo que seus comandos leiam a partir do arquivo inputTest.in
via entrada padrão
diff <(shiftingV1.0 < inputTest.in) <(shiftingV1.2 < inputTest.in)