O mais fácil seria reinstalar o pacote ao qual o arquivo pertence:
sudo apt-get install --reinstall gnome-shell-common
Eu deletei usr/share/gnome-shell/theme/gnome-shell.css há uma maneira de recuperar este arquivo, não estou procurando por programas de recuperação, apenas talvez um comando que o regenere.
O mais fácil seria reinstalar o pacote ao qual o arquivo pertence:
sudo apt-get install --reinstall gnome-shell-common