Resumindo: Sim.
Para elaborar um pouco: Essas opções de inicialização são armazenadas na NVRAM da sua placa-mãe e apontam para arquivos em seu disco rígido que não existem mais ou que não estão funcionais, se ainda existirem. A exclusão dessas entradas (usando efibootmgr de um live CD do Linux, bcfg de um shell EFI ou, às vezes, da interface de usuário integrada do utilitário de configuração EFI) simplesmente excluirá algo não funcional. Não se esqueça de apagar as entradas correct , embora - não pretenda apagar acidentalmente a entrada do carregador de arranque do Windows!