O problema acabou sendo com o processamento de tempo do kernel: quando executo cat /var/log/syslog | grep -i 'unstable' , vejo várias mensagens de erro, como Clocksource tsc unstable (delta = -3474929768 ns) .
Eu resolvi isso ativando ACPI HPET table no BIOS. Com outro kernel Linux de clocksource gerenciado para manipular os timers corretamente.