Não sei o que você tem em relação às colunas nomeadas. Se você quiser especificar o que está neles, precisará chamá-los especificamente.
awk 'NR>1 && $2~/^[KJ]$/ && $3~/^[KP]$/ {print $1}' ...
Corresponde a K-K
, K-P
, J-K
e J-P
e imprime a coluna de nome. Ele também irá pular a primeira linha que parece um cabeçalho.
Ele corresponde às seguintes linhas do seu exemplo:
NINA K K kevdhekdmabr2738
NINA J P pdbkemgwjsabeb483
NINA J K amfjekspdbejd34549
Mas, obviamente, só imprime o NINA
.