Vá para o diretório /usr/share/nano
e confira os arquivos *.nanorc
lá. Por exemplo, para alterar a cor do comentário no PHP, edite /usr/share/nano/php.nanorc
e altere:
## comments
color brightblue "//.*"
color brightblue start="/\*" end="\*/"
para
## comments
color brightgreen "//.*"
color brightgreen start="/\*" end="\*/"
... que é muito menos invisível ao usar o PuTTY.
Essas informações também podem ser inseridas em um arquivo ~/.nanorc
para um usuário individual.