Sim, você pode, mas apenas uma das partições pode ser definida como uma partição de inicialização de cada vez. (na maioria dos BIOSes)
Significado: se você quiser ter 2 partições inicializáveis em um pendrive, você precisará usar o gparted toda vez que quiser "alternar" entre um e outro.
Dependendo do que você quer / precisa, você pode dar uma olhada no Easy2Boot