Se você estiver certo em usar a linha de comando, eu instalaria o adb, a ponte de depuração do Android. É confiável e simples de usar, mas pode ser um pouco difícil para novos usuários.
( link )
Você precisará ativar as opções de desenvolvedor em seu Nexus 7 tocando 7 vezes no item Número da compilação em Configurações - > Sobre telefone. Isso permitirá uma nova opção, Developer Options, de lá habilitar a depuração USB.
Quando você está conectado via USB, com adb você pode verificar se o adb pode ver seu dispositivo com
adb devices
Você deve ver o seguinte:
* daemon not running. starting it now on port 5037 *
* daemon started successfully *
List of devices attached
XXXXXXXXXXXXXXXXXX device
Onde XXXXX é uma cadeia alfanumérica exclusiva do seu dispositivo. Se você não vir a string, não configurou o adb corretamente.
Você poderá transferir arquivos para seu dispositivo usando o adb push
adb push myfile /sdcard/
e tire os arquivos usando o adb pull
adb pull /sdcard/remotefile /home/username/