Não há diferenças entre os dois.
"12.04" significa simplesmente que o lançamento inicial foi em abril de 2012. O "LTS" significa que esta versão (12.04) é suportada por 5 anos em vez de 9 meses. O ".3" significa que é a terceira imagem de instalação atualizada para o Ubuntu 12.04LTS, que inclui todas as atualizações desde o lançamento inicial do Ubuntu 12.04LTS, além de um novo kernel com suporte para novo hardware.