O arquivo .run é um binário que instala pacotes fora do gerenciador de pacotes. O apt-get não seria capaz de removê-los, uma vez que nunca os instalou (a menos que o arquivo .run adicione manualmente os repos e, em seguida, apenas desce os pacotes. Pode fazer isso, nunca usei.)
O Postgres fornece seus próprios repositórios para o Ubuntu, e esse é o método preferido para usá-lo, para que você obtenha atualizações de segurança diretamente do Postgres quando elas forem lançadas.
As instruções para fazer isso podem ser encontradas no link que tem um prático seletor e blocos de copiar / colar.