Parece que não há suporte agora, veja este relatório de erros upstream .
No entanto, você pode criar um wrapper para o gedit, que define os plugins específicos que você deseja por meio do gconftool-2.
Isso seria algo como:
#!/bin/bash
old_config=$(gconftool-2 --get "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins")
gconftool-2 --set --type list --list-type string "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins" "[]"
gedit
gconftool-2 --set --type list --list-type string "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins" "$old_config"
Agora salve isso em algum lugar, por exemplo. gedit_profile e torná-lo executável:
chmod +x gedit_profile
Para carregar perfis diferentes, basta chamá-lo com uma lista separada por vírgulas de plug-ins que você deseja ativar, por exemplo:
/path/to/gedit_profile "terminal,colorpicker"
[Claro que você pode colocar isso em lançadores separados.]