O XP está desatualizado e não é tão seguro quanto as versões mais recentes. Ele também é EOL em 2014, e você não receberá atualizações de segurança depois disso. Embora ter uma AV geralmente seja uma boa ideia, é improvável que um vírus que afeta sua VM afete seu sistema principal no estado atual das coisas. VMs de crossplataformas são raras.
No entanto, para estar seguro, eu provavelmente configuraria e atualizaria o sistema XP e, em seguida, snapshot . Dessa forma, você pode reverter para um sistema que tem um estado conhecido de estar livre de vírus. Isso deixaria a opção de usar uma proteção contra malware não residente, como malwarebytes, em vez de uma proteção residente, como o MSSE (que eu recomendaria). Eu também trabalharia como um usuário limitado, se possível, já que as permissões reduzidas significam melhor segurança - isso limita os danos que um vírus que está sendo executado em sua conta pode fazer.
Você provavelmente poderia executar o software fiscal no Windows, imprimi-lo com uma impressora PDF e enviar o pdf para o Ubuntu para imprimir através de uma pasta compartilhada.