Em resumo - perfeitamente seguro.
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Se você instalou o Ubuntu com o Wubi - então a instalação do Ubuntu é igual a todos os outros arquivos no Windows. A desfragmentação não alterará o conteúdo e qualquer movimentação de imagem de instalação será detectada pelo carregador de inicialização.
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Se você instalou o Ubuntu em uma partição separada, então é ainda melhor - nenhum defragger do Windows tocaria o desempenho do anúncio de partição ext4, que deve ser o melhor.
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