Você provavelmente estava rodando o Vuze como root, então todos os arquivos baixados por ele agora pertencem ao root. Certifique-se de que o Vuze está fechado, abra um terminal e vá para a pasta onde os arquivos em questão estão localizados. Em seguida, execute o seguinte comando:
sudo chown -cR $USER:$(id -gn $USER) .
(Por favor, note que o ponto no final é parte do comando). Agora inicie o Vuze e tudo deve funcionar bem.