apt-get
baixa e instala pacotes de um repositório de pacotes, e o Matlab como software comercial não está incluído nesses repositórios (padrão).
Se você baixou o Matlab como um arquivo de pacote Debian (MATHWORKS_R2013A.deb), então você pode usar
sudo dpkg -i MATHWORKS_R2013A.deb
Se o arquivo baixado não for um deb, você não poderá instalá-lo usando as ferramentas de gerenciamento de pacotes do Ubuntu. Nesse caso, é provavelmente um instalador binário (por exemplo, MATHWORKS_R2013A.sh) que deve ser iniciado como um executável. Meu palpite:
sudo ./MATHWORKS_R2013A.sh
Se nada disso se aplicar, você precisa fornecer informações mais detalhadas sobre o que exatamente você baixou.