Quando você opta por "instalar" um aplicativo da web, além de criar um atalho, ele também oferece (para alguns aplicativos) recursos, por exemplo, para o youtube, ele permite que você reproduza / pause no menu de volume e, para o gmail, acho que ele vai te dar notificações por email. Além disso, eles exibirão o toolbarless no Chromium (mas não no firefox)