O kernel costumava ter uma opção de configuração para usar ATIME ou RELATIME; Não sei se isso também incluiu alguma opção para o NOATIME. De qualquer forma, isso se foi agora.
Eu também estudei o util-linux, para ver se o comando mount tinha padrões configuráveis ou poderia ser modificado, mas não parecia ser o caso.
No entanto, parece que você pode corrigir o kernel para alterar o comportamento padrão. Modifique ./fs/namespace.c, em torno das linhas 2334:
long do_mount(...)
...
/* Default to relatime unless overriden */
if (!(flags & MS_NOATIME))
mnt_flags |= MNT_RELATIME;
...
Troque isso:
long do_mount(...)
...
/* Default to noatime unless overriden */
if (!(flags & MS_RELATIME))
mnt_flags |= MNT_NOATIME;
...
E isso deve acontecer.