A solução é bem simples. Este caminho que você dá ao seu programa não é válido. O problema é o meu livro. Ou você cita seu caminho como
'/media/student/My Book/microsat/TRF_output/concatenated_reads_N10.fasta'
ou você escapa do espaço com uma barra invertida
/media/student/My\ Book/microsat/TRF_output/concatenated_reads_N10.fasta