Eu acho que você deve estar baixando a versão do LiveCD do Ubuntu Desktop. Isso não pode ser executado no Windows, você tem que gravá-lo em CD e reinicie o computador.
Se a sua BIOS estiver configurada corretamente com a unidade de CD / DVD como a primeira opção de inicialização, o Ubuntu será iniciado e permitirá que você o instale ao lado da sua versão do Windows.