Acho que encontrei uma resposta:
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O Vagrant é open source sob uma licença muito permissiva (MIT).
Eu não tentei todas as situações possíveis (por exemplo, atualizando automaticamente ou adicionando um plug-in a um site WordPress de desenvolvimento), mas a pequena quantidade de testes que fiz parece indicar que posso deixar as permissões do apache valores padrão na máquina virtual vagrant e trabalho em uma pasta Vagrant no host (minha caixa de desenvolvimento) sem nenhum problema de acesso. As permissões em qualquer instalação do apache no host são irrelevantes para isso e não são afetadas por nada que você faça.
Você precisa usar uma porta não padrão para o site que está desenvolvendo, como 8080. Se você estiver usando o mapeamento de porta (apenas uma única linha extra no arquivo de configuração da máquina virtual do vagrant), isso envia solicitações porta para a porta da VM 80, supondo que é o que você especificou no arquivo de configuração. E você precisaria criar uma nova VM para cada projeto, mas isso dificilmente é o fim do mundo.
Desde o pouco tempo que passei usando vagrant (apenas um dia ou mais), parece ser uma solução muito elegante e fácil de usar para este e outros problemas.
Se alguém tiver outros prós e contras, estarei interessado em ouvi-los.