O operador "> '- apenas redireciona tudo o que está escrito para sua stdout (verifique: link ). O Stderr é um outputstream separado, é por isso que o seu cron errado não funciona, já que ele grava no stderr (um shell típico mostra stdout e stderr). Para anexar stderr e stdout a um arquivo, use '& amp; >' em vez de '>'.
Agora para o seu problema: parece Ec2-stop-instâncias não está escrevendo para stdout nem. Usando
10 * * * * ubuntu /usr/bin/ec2-stop-instances [instanceid] &> /tmp/ec2.log
deve corrigir seu problema.
Outra maneira de escrever é redirecionar stderr (geralmente stream 1) para onde stdout (geralmente stream 1) vai acrescentando 2 > & 1 ao seu constructo:
10 * * * * ubuntu /usr/bin/ec2-stop-instances [instanceid] > /tmp/ec2.log 2&>1