O arquivo em /usr/bin
não é o binário em si, mas um link simbólico (symlink) para o binário "real" em /opt/scala/scala-2.10.1/bin/scala
. Para executar seu comando, você precisa ter permissões suficientes nesse arquivo, não (apenas) no symlink. Caso contrário, as permissões poderiam ser contornadas com muita facilidade, apenas criando um link simbólico com permissões menos restritivas.